But: Séparer des molécules d’ADN ou d’ARN selon leur composition en CG.
Avantages:
- Permet de séparer des fragments d’ADN de tres grande taille, voir des chromosomes entiers, ce qui n’est pas possible par une électrophorèse classique.
- Permet de séparer des molécule d’ADN ou ARN ayant la même taille, mais ayant une composition différente en GC vu leur appartenance à des organismes différents.
Principe : Lors de leurs migration, à travers le gradient dénaturant croissant, et lorsqu’une molécule atteint son point de fusion, elle devient simple brin ce qui freine son mouvement dans le gel. le CG-clamp permet d’éviter une dénaturation totale des molécules.
Étapes:
- Extraction de l’ADN de l’échantillon
- PCR de la région cible (exp. gène codant l’ARN 16S) et ajout d’un GC-clamp grace à des amorces spéciales.
- dépôt sur gel à gradient dénaturant
- migration grâce à un champ électrique
- Révélation et analyse du gel
