But: déterminer le profil de transcription des gène d’un organisme donné dans une condition donnée, ou comparer le profil de transcription d’un meme organisme dans différentes conditions et diterminer ainsi les gènes dont la transcription est lié à une condition donnée.
Etapes:
- Prélèvement d’un échantillon, ou culture, de cellules en condition A et d’autres en condition B
- Extraction et purification des ARNm grace à une colonne polydT
- RT-PCR, avec des amorces polydT et des dNTP fluorescents –> synthèse ADNc marquée: conditionA avec Cy5 (rouge) et conditionB avec Cy3 (vert)
- Dénaturation: séparation de l’ARNm et de l’ADNc*
- Ajout d’une RNase pour dégrader l’ARNm
- on mélange la même quantité d’ADNc* conditionA avec l’ADNc* conditionB
- Hybridation: on dépose le mélange d’ADNc* sur la lame de DNA-microarrays
- Lavage
- Exposition au UV et analyse de la fluorescence émise:
- les taches de couleur rouge correspondent au gènes qui sont transcrits uniquement en conditionA.
- Les taches verte au gènes qui sont transcrits seulement en conditionB.
- Les taches jaunes, c’est les gènes qui sont transcrits dans les deux cas.
- Les taches noires, c’est les gènes qui ne sont pas transcrits dans les deux conditions.
Applications:
- Étudier l’effet d’une drogue sur l’expression génique (pharmacologie, fungicides, pesticides..)
- Comparer deux conditions spécifiques (tissu malade vs tissu sain): applications au cancer par exemple
- Étudier des effets environnementaux
- Comprendre un programme cellulaire ou développemental
- Décrypter un réseau de régulation
- STABILITE DES ARNm
- AIDE À L’ANNOTATION DU GENOME.
- STRUCTURE DES GENES ET DES EXONS
- CARTOGRAPHIES GLOBALES TRANSCRIPTIONNELLES
Remarques: chez les procaryotes, vu que les ARNm n’ont pas de queue polyA, on utilise des amorces aléatoire pour la PCR (donc le marquage sera par Random priming).
